El Pla Estratègic de l'Institut és una obra col·lectiva elaborada en un procés "abaix-amunt" mitjançant la qual l'Institut realitza una anàlisi auto-crítica de sa situació actual, defineix els objectius que es proposa complir en el termini de vigència del Pla Estratègic, i estableix els recursos humans i materials que calen per a desenvolupar-lo. El Pla Estratègic de l'Institut és posteriorment avaluat per diversos panells d'experts internacionals que indiquen quins aspectes han de revisar-se. Finalment, la Comissió d'Àrea Científico-Tècnica del CSIC a la qual s'adscriu l'Institut aprova el Pla Estratègic revisat i assigna els recursos humans i econòmics per al seu desenvolupament. Una característica fonamental del Pla Estratègic és la definició d'objectivus concrets reflectits en una sèrie d'indicadors quantitatius que permeter seguir fàcilment son desenvolupament i avaluar el grau de compliment.