Las colonias de aves marinas como la pardela cenicienta (Calonectris diomedea), el paíño europeo (Hydrobates pelagicus), la gaviota de Audouin (Larus audouinii) o la gaviota patiamarilla (Larus cachinnans) son abundantes en el Archipiélago de Cabrera. Estas aves, que se alimentan de peces y otra fauna marina, suponen una forma de transporte biológico de nutrientes y contaminantes desde el mar hasta las zonas de anidamiento, donde depositan grandes cantidades de materiales de naturaleza orgánica (heces, plumas, cadáveres, restos de alimentos). Estos materiales pueden regresar al mar, ya sea por deposición directa o por descargas en episodios de lluvia, estimulando o inhibiendo la producción primaria.

Asimismo, las aves, por su alta movilidad, se encuentran entre los agentes animales que más activamente propician el flujo de metales y nutrientes entre ecosistemas separados por grandes distancias. En el caso de las aves marinas gregarias dichos flujos pueden ser de gran magnitud y concentrarse en áreas reducidas. Por ejemplo, la gaviota patiamarilla, mucho más abundante que el resto de aves marinas en el Archipiélago de Cabrera, tiene un rango de dispersión de aproximadamente 50 km, con lo que fácilmente puede volar entre Cabrera y Mallorca. Sus hábitos alimenticios son muy variados (es omnívora, predadora y carroñera) y es frecuente observarla alimentándose en basureros y otras zonas de Mallorca. La llegada de estos alimentos con aportes antropogénicos al Archipiélago de Cabrera puede afectar de forma significativa las características básicas de los ecosistemas receptores.