El 2 de juny de 2008 se signa el nou Conveni específic entre el CSIC i la UIB pel qual l’IMEDEA es reestructura en quatre departaments Biodiversitat i conservació, Ecologia i Recursos Marins, Investigació del Canvi Global, i Tecnologies Marines, Oceanografia Operacional i Sostenibilitat , als quals s’hi afegia l’àrea de Serveis Generals, pendent d’estructuració.
El 2008, arran de l’elaboració del Pla Estratègic 2010-2013, s’estructura l’àrea de Serveis Generals als Serveis d’Administració, Suport a la Investigació, Manteniment i Infraestructures, i Tecnologies de la Informació i de la Comunicació. A més, s‟estableix un Servei d‟Instal·lacions Singulars per a la gestió de les estacions experimentals de l‟IMEDEA, i es consolida la Biblioteca de l‟IMEDEA gràcies al suport tècnic i humà del Servei de Biblioteca i Documentació de la UIB.