En data 19 de juny de 1995 s’estableix un nou conveni específic entre la UIB i el CSIC, pel qual es reestructura l’IEA, que es denomina Institut Mediterrani d’Estudis Avançats (IMEDEA), que es constitueix en dos Departaments: Recursos Naturals i Física Interdisciplinar.
El desembre de 1995 se signa un conveni entre el CSIC i l’Ajuntament d’Esporles (Mallorca), per la qual aquest Ajuntament atorga al CSIC la cessió per 99 anys de l’edifici i terreny adjacent que ocupen les antigues escoles municipals (Ses Escoles Velles), comprometent-se el CSIC, a càrrec seu, a la rehabilitació de l’edifici ia la ubicació, en el mateix, de l’IMEDEA. Posteriorment arriba a un acord pel qual el CSIC adquireix, en propietat, l’edifici i el terreny.