• Sara Díaz és estudiant de doctorat a l'IMEDEA (UIB-CSIC)

Foto: Sara Díaz al seu despatx de l'IMEDEA (Autora: Charina Cañas)

Esporles, 10 d'agost de 2018. Sara Díaz és graduada en Biologia (2016) i màster en Microbiologia (2018) per la Universitat de les Illes Balears. Quan va acabar el batxillerat va fer una FP de Laboratori d'Anàlisi i en va fer les pràctiques al Laboratori de Microbiologia de l'IMEDEA, de març a juny de 2012, i des de llavors ha estat contractada com a tècnica per treballar a l'IMEDEA els estius. Mentre va cursar els estudis de Biologia, va continuar sent alumna col·laboradora a l'IMEDEA els horabaixes. Li acaben de concedir una beca FPU per fer la tesi.

A la pregunta «què fas aquests dies?», ens contesta que ha començat a treballar en el que serà el tema de la seva tesi, això és un estudi de microdiversitat del gènere Salinibacter.

Fa unes quantes setmanes que es dedica a analitzar 222 aïllats de Salinibacter. Els extreu l'ADN, en fa el cribratge per MALDI-TOF (espectrometria de masses que es basa a obtenir un «DNI» o perfil proteic de cada organisme, a partir del qual, per presència-absència de pics, pretén arribar a fer-ne un dendrograma ―diagrama d'arbre― de similituds, per veure de manera ràpida i barata les semblances i diferències entre els microorganismes d’una mostra), n’avalua l'ADN genòmic per electroforesi i aplica tècniques de marcatge o fingerprinting (RAPD) per poder identificar-ne les variants clonals. L'objectiu principal d'aquest treball és seqüenciar el genoma complet de totes les soques i comparar-lo amb metagenomes (conjunts totals de gens ―en aquest cas, procariotes― presents en un entorn o ecosistema determinat). Encara li queden per analitzar vuitanta aïllats més que estan en fase de creixement.

Els últims anys s'ha dedicat a comparar les diferents plataformes de seqüenciació existents per estudiar-ne la diversitat amb eines moleculars. Quan estudiam un animal el podem distingir per la forma, mentre que els procariotes presenten una diversitat limitada de morfologies (cocs, bacils, formes geomètriques, etc.), de manera que per distingir-los ens basam en altres mètodes, com és l'ús de marcadors moleculars, que són una mena de «DNI» en els bacteris. Na Sara explica que el marcador principal en els estudis d'ecologia microbiana és el gen de l'ARN ribosòmic 16S. Utilitzen la seqüència d'aquest gen per identificar els bacteris i les arqueges presents en una mostra. Relativament en poc temps han aparegut diverses tecnologies que permeten seqüenciar aquest gen a gran escala (Illumina, Roche 454, PacBio i els reads de 16S extrets dels metagenomes obtinguts mitjançant seqüenciació directa), entre les quals hi ha diferències considerables. Això genera una mena d'incertesa sobre si la qualitat de totes és comparable, ja que els resultats que s'obtenen amb una o una altra són diferents. Per això, en el Treball de Final de Màster (TFM) na Sara es va dedicar a extreure l'ADN de mostres amb diferents graus de complexitat (microbiota associada a grumers, salines, sediments, etc.) i les va enviar a seqüenciar amb les diferents plataformes per veure quina podria ser la manera més apropiada de fer estudis de diversitat en microbiologia. Entre les conclusions a què ha arribat destaca que Pacbio, que és la tecnologia més recent i l'única que permet obtenir la seqüència completa del gen ARNr 16S, és la que permet més precisió en la identificació dels organismes, així com una millor recuperació dels grups menys abundants. Amb una seqüència parcial, l'afinació és més baixa i es dificulten la identificació al nivell de l'espècie i la detecció de l'anomenada biosfera rara (els organismes minoritaris en l'ambient) treballant amb un nombre comparable de seqüències.

La seva passió per la microbiologia, i més particularment pels microorganismes extremòfils, li ve del fet que la seva família és de Río Tinto, Huelva. A més, va centrar la tesi en l'estudi de la microdiversitat del Salinibacter, el bacteri que té més importància per la seva abundància en les salines, que són ambients extrems per la quantitat de sals que tenen. Ens explica que hi ha tres dominis de la vida (eubacteris, eucaris i arqueus), i que es creia que els ambients extrems estaven dominats per arqueobacteris, però fa anys la doctora Josefa Antón, de la Universitat d'Alacant, juntament amb el doctor Ramon Rosselló (el seu director de tesi) varen descobrir que el Salinibacter, membre del domini eubacteri, també és molt important en les salines. En la tesi, na Sara va estudiar la microdiversitat del Salinibacter en salines de diferents llocs del món (Mallorca, potser també a Eivissa, Alacant, Israel, Xile, Colòmbia i Sud-àfrica), fet que permetrà també estudiar potencials patrons biogeogràfics.

Recentment, ha assistit a un curs de RNA-Seq (Seqüenciació del Transcriptoma Sencer per Clonatge a l'Atzar) a la Universitat de les Illes Balears (UIB). El novembre de l’any passat va assistir, a Vigo, a la XIV Reunió Redex, ja que el grup en el qual treballa pertany a la Xarxa Nacional de Microorganismes Extremòfils (Redex). El maig de l'any passat també va assistir a un curs de metagenòmica i anàlisi genòmica a l'EMBL Heidelberg - The European Molecular Biology Laboratory (Microbial metagenomis: a 360º approach) per tenir una idea de les tècniques i les passes que havia de seguir.

Com que fins ara està contractada com a tècnica, també col·labora en l'organització del laboratori (autoclavatge, preparació i neteja de material, sol·licitud de reactius, etc.) i, quan hi va algun estudiant, fa activitats de docència i li explica tècniques, etc.

Na Sara ens comenta que és conscient de com n’és d’afortunada de poder treballar en un centre d'investigació mentre estudia, la qual cosa l'ajuda a valorar la importància d’esforçar-se durant la carrera i la rellevància de tenir un bon expedient acadèmic, sobretot quan saps que el que vols és dedicar-te algun dia a la investigació. Va ser la primera de la seva promoció, va rebre el premi extraordinari de final de carrera i va obtenir el premi als millors estudiants de grau del Banc de Santander, la qual cosa li ha permès accedir a una beca tan competitiva com és l’FPU.

Foto: Sara Díaz al laboratori de microbiologia (Autora: Charina Cañas)

Font: IMEDEA (UIB-CSIC)