El grup de Microbiologia Ambiental treballa en l’estudi dels aspectes ecològics i autoecològics dels procariotes que prosperen en entorns naturals mitjançant mètodes independents dels cultius (metagenòmica, biblioteques de clons, microscòpia de fluorescència…) així com dependents dels cultius ( aïllament, genòmica, espectroscòpia de masses…). El grup centra el seu treball principalment en hàbitats aquàtics, ambients marins i hipersalins i està especialitzat en sistemàtica bacteriana i bioremediació d’ambients contaminats.