IMEDEA día a día: Sara Díaz

09/08/2018

  • Sara Díaz es estudiante de doctorado en el IMEDEA (UIB-CSIC)

 

 

Foto: Sara Díaz en su despacho del IMEDEA (Autora: Charina Cañas)

 

 

Esporles, 10 de agosto de 2018. Sara Díaz es graduada en Biología (2016) y Máster en Microbiología (2018) por la Universidad de las Islas Baleares. Cuando acabó el bachillerato hizo una FP de  Laboratorio de Análisis, realizando sus prácticas en el laboratorio de Microbiología del IMEDEA de marzo a junio de 2012, y desde entonces ha estado contratada como técnica para trabajar en el IMEDEA durante los veranos. Mientras cursó sus estudios de Biología siguió siendo alumno colaborador en el IMEDEA por las tardes. Le acaban de conceder una beca FPU para hacer su tesis.

 

 

A la pregunta de: ¿qué estás haciendo estos días?, nos contesta que en estos momentos ha empezado a trabajar con lo que será el tema de su tesis, o sea, un estudio de microdiversidad del género Salinibacter.

 

 

Lleva un par de semanas dedicada al análisis de 222 aislados de Salinibacter, extrayéndoles el ADN, cribando por MALDI-TOF (espectrometría de masas que se basa en obtener un “DNI” o un perfil proteico de cada organismo, para a partir de él, por presencia-ausencia de picos, poder llegar a hacer un dendrograma (diagrama de árbol) de similitud, para ver cuan poco o mucho se parecen los microorganismos que tienes en una muestra de manera rápida y barata), evaluando el ADN genómico por electroforesis y realizando técnicas de Fingerprinting (RAPD) para poder  identificar las variantes clonales. El objetivo principal de este trabajo es la secuenciación del genoma completo de todas las cepas y su comparación con metagenomas (conjuntos totales de genes, en este caso procariotas, presentes en un entorno o ecosistema determinado). Aún le queda por analizar otros 80 aislados que aún están en fase de crecimiento.

 

 

Durante los últimos años se ha dedicado a comparar las diferentes plataformas de secuenciación existentes para estudiar la diversidad con herramientas moleculares. Cuando estudiamos un animal lo podemos distinguir por la forma, mientras que los procariotas presentan una diversidad limitada de morfologías (cocos, bacilos, formas geométricas, etc.), por lo que para distinguirlos nos basamos en otros métodos, como es el uso de marcadores moleculares, que son como una especie de “DNI” en las bacterias. Sara cuenta que el principal marcador en estudios de ecología microbiana es el gen del ARN ribosómico 16S. Utilizan la secuencia de ese gen para identificar las diferentes bacterias y arqueas presentes en una muestra. En relativamente poco tiempo han aparecido diferentes tecnologías que permiten la secuenciación de este gen a gran escala  (Illumina, Roche 454, PacBio y los reads de 16S extraídos de los metagenomas obtenidos mediante secuenciación directa), con considerables diferencias entre ellas. Esto genera una especie de incertidumbre sobre si la calidad de todas es comparable, ya que los resultados que se obtienen de una y otra son diferentes, por lo que en el trabajo de final de Máster (TFM) se dedicó a extraer el ADN de muestras con diferente grado de complejidad (microbiota asociada a medusas, salinas, sedimentos, etc.) y las envió a secuenciar con las diferentes plataformas para ver cuál podría ser la manera más apropiada de hacer estudios de diversidad en microbiología. Entre las conclusiones a las que ha llegado destaca que Pacbio, que es la tecnología más recientey la única que permite la obtención de la secuencia completa del gen ARNr 16S, es la que permite una mayor precisión en la identificación de los organismos así como una mejor recuperación de los grupos menos abundantes. Con una secuencia parcial la afinación es menor, y se dificultan la identificación a nivel de especie y la detección de la denominada biosfera rara (los organismos minoritarios en el ambiente) trabajando con un número comparable de secuencias.

 

 

Su pasión por  la microbiología y más particularmente por los microorganismos extremófilos le viene del hecho de que su familia es de Rio Tinto, Huelva y va a centrar su tesis en el estudio de microdiversidad de Salinibacter, la bacteria que tiene mayor importancia por su abundancia en la salinas, que son ambientes extremos por la cantidad de sales que tienen. Nos cuenta que hay tres dominios de la vida: Bacteria, Eukarya y Archaea, y que se creía que los ambientes extremos estaban dominados por arqueas, pero hace años la Dra. Josefa Antón de la Universidad de Alicante junto con el Dr. Ramón Rosselló (su director de tesis), descubrieron que Salinibacter, miembro del dominio bacteria, también es muy importante en las salinas. En su tesis va a  estudiar la microdiversidad de Salinibacter en salinas de diferentes lugares del mundo (Mallorca, quizás también en Ibiza, Alicante, Israel, Chile, Colombia y Sudáfrica), hecho que permitirá también el estudio de potenciales patrones biogeográficos.

 

 

 

Recientemente ha asistido a un curso de RNA-Seq (secuenciación) en la Universidad de las Islas Baleares (UIB). El pasado més de noviembre asistió en Vigo a la XIV Reunión RedEX, ya que el grupo en el que trabaja pertenece a la Red Nacional de Microorganismos Extremófilos (RedEX).  En mayo del año pasado también asistió a un curso de metagenómica y análisis genómico en el EMBL Heidelberg - The European Molecular Biology Laboratory (“Microbial metagenomis: a 360º approach”) para tener una idea de las técnicas y los pasos que dar.

 

 

 

Al estar hasta ahora contratada como técnica también colabora en la organización del laboratorio (autoclavado, preparación y limpieza de material, solicitud de reactivos, etc.) y cuando viene algún estudiante hace actividades de docencia explicándoles técnicas, etc.

 

 

 

Sara nos comenta que es consciente de lo afortunada que ha sido de poder trabajar durante sus estudios en un Centro de Investigación, lo cual te ayuda a valorar la importancia de esforzarte durante la carrera y la relevancia de tener un buen expediente académico, sobre todo cuando sabes que lo que quieres es dedicarte algún día a la investigación. Fue la primera de su promoción recibiendo el Premio Extraordinario de Final de carrera, y consiguiendo el premio a los mejores estudiantes de grado del Banco de Santander, lo cual le ha permitido acceder a una beca tan competitiva como es la FPU.

 

 

Foto: Sara Díaz en el laboratorio de microbiología (Autora: Charina Cañas)

 

 

 


Fuente: IMEDEA (UIB-CSIC)