El grupo de «Microbiología Ambiental» trabaja en el estudio de los aspectos ecológicos y autoecológicos de los procariotas que prosperan en entornos naturales mediante métodos independientes de los cultivos (metagenómica, bibliotecas de clones, microscopía de fluorescencia…) así como dependientes de los cultivos (aislamiento, genómica, espectroscopia de masas…). El grupo centra su trabajo principalmente en hábitats acuáticos, ambientes marinos e hipersalinos, y está especializado en sistemática bacteriana y biorremediación de ambientes contaminados.