En fecha 19 de junio de 1995 se establece un nuevo convenio específico entre la UIB y el CSIC, por el cual se reestructura el IEA, que pasa a denominarse Instituto Mediterráneo de Estudios Avanzados (IMEDEA), que se constituye en dos Departamentos: Recursos Naturales y Física Interdisciplinar.
En diciembre de 1995 se firma un convenio entre el CSIC y el Ayuntamiento de Esporles (Mallorca), por la cual este Ayuntamiento otorga al CSIC la cesión por 99 años del edificio y terreno colindante que ocupan las antiguas escuelas municipales (Ses Escoles Velles), comprometiéndose el CSIC, a su cargo, a la rehabilitación del edificio y a la ubicación, en el mismo, del IMEDEA. Posteriormente se llega a un acuerdo por el cual el CSIC adquiere, en propiedad, el edificio y el terreno.