• No existeix una nomenclatura oficial per a les espècies de microorganismes procariotes que es detecten per tècniques moleculars i que mai no s'han cultivat en el laboratori
• A aquests microorganismes, se'ls assignen noms sense seguir cap regulació i, de vegades, amb multiplicitat, la qual cosa dificulta la comunicació entre científics
• La proposta facilitaria el camí a seguir perquè la comunitat científica pugui conèixer, classificar, identificar i compartir la biodiversitat del món microbià.

Fotos: esquerra: Arqueus antàrtics. Una mostra d'aigua de mar antàrtica alberga entre 200 i 600 tàxons diferents en funció de la diversitat de seqüències del gen 16S rRNA (Alison Murray); centre: Xemeneia de ventilació hidrotermal d'aigües profundes de la cresta de l'Atlàntic mitjà, entorn on s'han descrit nous genomes microbians (Anna-Louise Reysenbach and Woods Hole Oceanographic Institution); dreta: Espècimens de bacteris i arqueus que cerquen la calor d'una font termal (Anna-Louise Reysenbach)
 

Esporles, 10 de juny de 2020. Bacteris i arqueus són dos dels tres dominis de la vida a la Terra que engloben els organismes unicel·lulars que no tenen nucli cel·lular, també coneguts com a procariotes. El sistema actual de classificació d'aquests organismes només accepta que es nomenin espècies noves si almenys un representant seu ha crescut al laboratori en forma de cultiu pur (monocultiu) i si, a més, són accessibles per a la comunitat científica. Aquesta és la regla més controvertida del Codi Internacional de Nomenclatura de Procariotes (ICNP) i és un requisit que sempre ha estat problemàtic per als microbiòlegs que estudien procariotes a la natura. L'article publicat a Nature Microbiology proposa un nou codi de nomenclatura que substitueixi l'actual, que és anàrquic i que complica la comunicació entre la comunitat científica, la qual cosa facilitaria que els investigadors puguin conèixer, classificar, identificar i compartir la biodiversitat del món microbià.

A la dècada de 1980, els microbiòlegs començaren a utilitzar tècniques moleculars per mostrejar i estudiar l'ADN de microorganismes directament en el seu propi hàbitat. La diversitat dels hàbitats d'aquests microorganismes va des dels oceans gelats de la Terra fins a les perforacions subterrànies més profundes, així com els microbiomes d'animals i plantes, incloent-hi els associats a la superfície de la pell, la mucosa oral i el tracte intestinal humans, entre d'altres. Aquests últims quaranta anys, la tecnologia ha millorat de tal manera que podem conèixer el genoma d'un microorganisme sense ni tan sols haver-lo vist. No obstant això, i tot i que es detecten centenars de milers d’espècies noves sense ser cultivades, seguint les regles de l'ICNP, no n’hi ha cap que pugui ser anomenada oficialment, ja que no se’n disposa d'un cultiu pur viable, una premissa gairebé impossible per a la immensa majoria.

Aquesta situació podria canviar gràcies a l'acord d'un consorci internacional de científics —entre els quals hi ha cinc investigadors del Consell Superior d'Investigacions Científiques (CSIC)— que es publica aquesta setmana a la revista Nature Microbiology. En aquesta publicació, els científics argumenten la necessitat de modernitzar les regulacions existents, adaptar-les a les observacions que permeten les noves tecnologies i, per tant, poder anomenar nous taxons de procariotes sense haver de cultivar-los. Per això, han proposat dos possibles camins a seguir. D'una banda, revisar l'actual ICNP perquè permeti incloure espècies no cultivades i que serien representades per la informació en la seqüència dels seus genomes. O, com a alternativa, proposen crear un sistema de nomenclatura alternatiu per a organismes no cultivats, el qual podria servir en un futur tant per als que es cultiven com per als que no, per finalment fusionar-se amb el sistema tradicional en algun moment en el futur.

Ramon Rosselló-Mora, de l'IMEDEA, un dels investigadors principals d'aquest consorci, remarca la importància de «classificar i anomenar tota la diversitat procariota sense haver de passar pel cultiu al laboratori, i que a mitjan termini s'aconsegueixi catalogar la gran majoria d'espècies de la biosfera, de la qual actualment només hem anomenat l'1 per cent del total real».
 

En aquest projecte també han participat Silvia G. Acinas, de l'Institut de Ciències de la Mar de Barcelona (ICM-CSIC); Carlos Pedrós Alió, del Centre Nacional de Biotecnologia (CNB-CSIC); María Asunción de los Ríos, del Museu Nacional de Ciències Naturals (MNCN-CSIC), i Víctor Parro, del Centre d'Astrobiologia (CAB-CSIC-INTA), tots centres pertanyents al CSIC.

L'article i els plans proposats pel consorci internacional van encaminats a implementar una estratègia d'avanç en un dels dos plans proposats, involucrant en paral·lel els microbiòlegs que ja han contribuït a aquesta declaració de consens i d'altres que estan disposats a fer-ho. «En aquest moment és un camp emocionant, perquè descrivim la diversitat de la vida a la Terra i descobrim nous fílums, tal com els científics ja feien al segle XIX, quan encara es descobrien organismes molt més grans», diu Alison Murray, professora d'Investigació de Biologia al Desert Research Institute (DRI) a Reno i una de les líders del consorci. «Poder representar la diversitat d'organismes no cultivats coneguts per les seves seqüències genòmiques en un llenguatge comú és increïblement important».

Font: IMEDEA (UIB-CSIC)

Més informació:

• Murray A.E, Rosselló-Mora R., Acinas S.G., de los Ríos M.A., Parro V, C. Pedrós-Alió, et. al. (2020) Roadmap for naming uncultivated Archea and Bacteria. Nature Microbiology. DOI: https://doi.org/10.1038/s41564-020-0733-x
• Un codi de nomenclatura nou per denominar bacteris i arqueus no cultivats (UIB)
• Millones de microorganismos no cultivados buscan nombre científico oficial (Sinc)
• Millones de microorganismos no cultivados buscan nombre científico oficial (La Sexta)
• Millones de microorganismos no cultivados buscan nombre científico oficial (Humanidad y Medio)
• Nuevo código de nomenclatura para bacterias y arqueas (Greenvasion)
• Nuevo código de nomenclatura para bacterias y arqueas (Ambientum)